Особенно богат цитруллином арбуз, из-за чего аминокислота и получила свое название (латинское название арбуза – citrullus). Из продуктов животного происхождения цитруллин содержится в яйцах, молоке, красном мясе и белой рыбе. Встречаются и растения, богатые цитруллином, среди них можно отметить представителей семейства Бобовые: арахис, сою и фасоль.