Поскольку гистидин является незаменимой аминокислотой, его прием практически не способен привести к неблагоприятным последствиям. Если в течение продолжительного времени превышать рекомендуемые дозировки, может развиться дефицит цинка в организме, ухудшиться липидный профиль крови. Также долговременный прием гистидина в сверхнормальных дозировках грозит развитием аллергических реакций и кожных высыпаний.